Исследования влияния параметров генетического алгоритма на эффективность докинга с помощь программы SOL
Каткова Е.В.

Проведен анализ ключевых параметров генетического алгоритма и изучено их влияние на эффективность процедуры докинга (позиционирования низкомолекулярных веществ в активном центре молекулы белка), реализованного в многопроцессорной версии программы SOL. Тестирование проводилось на наборе структур, представляющих собой комплексы белка урокиназы, закристаллизованной с различными низкомолекулярными ингибиторами (лигандами), и было ориентировано на оптимизацию дальнейшей работы по поиску новых ингибиторов урокиназы как потенциальных противоопухолевых препаратов. Оптимальные значения параметров генетического алгоритма получены как для режима, в котором проводится докинг одной молекулы, так и для режима виртуального скрининга, т.е. докинга больших библиотек химических соединений. Тестирование проводилось на кластерных суперкомпьютерах Московского государственного университета "Чебышев" и "Ломоносов".

Ключевые слова: докинг, разработка лекарственных средств, генетический алгоритм, глобальная оптимизация, параметризация

Название статьи, аннотация и ключевые слова на английском языке

Каткова Е.В., техник, e-mail: katkova@dimonta.com – Научно-исследовательский вычислительный центр, Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Ленинские горы, д. 1, 119992, стр. 4, Москва;   мл. науч. сотр. – ООО "Димонта", ул. Нагорная, д. 15, корп. 8, 117186, Москва;   аспирант – Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, физический факультет, Ленинские горы, д. 1, стр. 2, 119991, Москва