Реализация поддержки параллельных вычислений в программах докинга SOLGRID и SOL
Офёркин И.В., Сулимов А.В., Кондакова О.А., Сулимов В.Б.

Рассмотрены схемы реализации и получившиеся эффективности для нескольких вариантов докинга одного лиганда с использованием параллельных вычислений. В качестве программ, для которых реализовывались параллельные версии, были выбраны программы SOLGRID и SOL. Тестирование проводилось на кластерном суперкомпьютере СКИФ МГУ "Чебышёв". Для реализации параллельности вычислений использовался MPI. Данная работа выполнена в рамках проведения научно-исследовательских работ по пост-геномным исследованиям и технологиям МГУ им. М.В. Ломоносова и выполнения работ по госконтракту 02.740.11.0388 по теме "Суперкомпьютерные технологии для решения задач обработки, хранения, передачи и защиты информации", а также частично поддержана грантами РФФИ (коды проектов № 09-01-12097_офи-м, № 10-07-00595-а).

Ключевые слова: докинг, высокопроизводительные вычисления, интерфейс передачи сообщений

Название статьи, аннотация и ключевые слова на английском языке

Офёркин И.В., программист, e-mail: io@dimonta.com;   Сулимов А.В., системный программист, e-mail: sulimovv@mail.ru;   Кондакова О.А., ст. науч. сотр., e-mail: olga.kondakova@srcc.msu.ru;   Сулимов В.Б., зав. лабораторией, e-mail: vladimir.sulimov@gmail.com - Научно-исследовательский вычислительный центр, Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, 119991, Ленинские горы, Москва;   ООО "Димонта", ул. Нагорная, д. 15, корп. 8, 117186, Москва