Применение суперкомпьютеров для молекулярно-динамического моделирования процессов в конденсированных средах
Янилкин А.В., Жиляев П.А., Куксин А.Ю., Норман Г.Э., Писарев В.В., Стегайлов В.В.

Рассматривается применение метода классической молекулярной динамики на суперкомпьютерах. Исследована эффективность распараллеливания пакета LAMMPS вплоть до 8 тысяч ядер на МВС-100К МСЦ РАН. Выработаны рекомендации по его эффективному использованию, обсуждается выбор числа частиц и времени расчета. Представлен набор моделей и подходов для молекулярно-динамического моделирования фазовых превращений и разрушения. Проведен анализ предсказательности моделирования на основе сравнения результатов расчетов с экспериментом. Расчеты выполнены в МСЦ РАН и на кластере МФТИ-60 кафедры информатики Московского физико-технического института. Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ (код проекта 09-08-12161-офи-м), программ фундаментальных исследований РАН № 1, 2 и Федеральной целевой программы "Научные и научно-педагогические кадры инновационной России" на 2009-2013 гг. (Государственный контракт Федерального агентства по науке и инновациям № 02.740.11.0200). Статья подготовлена по материалам доклада авторов на международной научной конференции "Параллельные вычислительные технологии" (ПаВТ-2010; http://agora.guru.ru/pavt2010).

Ключевые слова: классическая молекулярная динамика, суперкомпьютер, эффективность распараллеливания, конденсированная среда

Название статьи, аннотация и ключевые слова на английском языке

А.В. Янилкин, науч. сотр., e-mail: aleyanilkin@gmail.com;   П.А. Жиляев, мл. науч. сотр., e-mail: peterzhilyaev@gmail.com;   А.Ю. Куксин, ст. науч. сотр., e-mail: alexey.kuksin@gmail.com;   Г.Э. Норман, зав. отделом, e-mail: norman@ihed.ras.ru;   В.В. Писарев, мл. науч. сотр., e-mail: pisarevvv@gmail.com;   В.В. Стегайлов, зав. лабораторией, e-mail: stegailov@gmail.com - Объединенный институт высоких температур РАН, ул. Ижорская, 13/2, 125412, Москва; Московский физико-технический институт, Институтский пер., 9, 141700, Долгопрудный