Параллельная молекулярная динамика с суммированием Эвальда и интегрированием на графических процессорах
Боярченков А.С., Поташников С.И.

Рассмотрена задача молекулярно-динамического моделирования при периодических граничных условиях. Обсуждаются эффективные алгоритмы для метода суммирования Эвальда. Предложены параллельные реализации на основе технологии NVIDIA CUDA. Исследован вопрос интегрирования уравнений движения на графических процессорах с одинарной и двойной точностью плавающей арифметики. На видеокарте NVIDIA GeForce GTX 280 достигнуто удельное (на одну систему) ускорение до ≈ 890 раз по сравнению со скалярным расчетом на процессоре Intel Core2 Quad Q9550.

Ключевые слова: молекулярная динамика, суммирование Эвальда, параллельные вычисления, графические процессоры, CUDA

А.С. Боярченков, аспирант, e-mail: boyarchenkov@gmail.com - Институт математики и механики УрO РАН, ул. С. Ковалевской, д. 16, 620219, г. Екатеринбург;
С.И. Поташников, ст. препод., e-mail: potashnikov@gmail.com - Уральский государственный технический университет, физико-технический факультет, ул. Мира, д. 19, 620002, г. Екатеринбург