Использование графических процессоров и технологии CUDA для задач молекулярной динамики
Боярченков А.С., Поташников С.И.

Рассмотрена параллельная реализация расчета парных межчастичных взаимодействий в методе молекулярной динамики при нулевых граничных условиях на графических процессорах с применением платформы NVIDIA CUDA. Впервые предложена эффективная реализация с использованием третьего закона Ньютона на основе технологии CUDA. Предложены приемы оптимизации кода. На видеокарте NVIDIA GeForce 8800 GTX по сравнению со скалярной версией на процессоре AMD Athlon64 2.1 ГГц достигнуто ускорение до 660 раз для системы из 49152 частиц.

Ключевые слова: молекулярная динамика, параллельные вычисления, графические процессоры, технология CUDA

А.С. Боярченков, аспирант, e-mail: boyarchenkov@gmail.com - Институт математики и механики УрО РАН, ул. С. Ковалевской, д. 16, 620219, г. Екатеринбург;
С.И. Поташников, ст. преподаватель, e-mail: potashnikov@gmail.com - Уральский государственный технический университет, физико-технический факультет, ул. Мира, д. 19, 620002, г. Екатеринбург